539.19 Н 506 Немухин, А. В. Молекулярное моделирование с программой РС GAMESS: от двухатомных молекул до ферментов [Текст] / А. В. Немухин, Б. Л. Григоренко, А. А. Грановский // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2004. - Т. 45, N 2. - Библиогр.: с. 100 - 102 ( 106 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия--Физическая химия. Химическая физика Кл.слова (ненормированные): молекулярное моделирование -- программа РС GAMESS -- двухатомная молекула -- малоатомная молекула -- кластеры -- межмолекулярные комплексы -- энергетические профили Аннотация: Обзор основных результатов молекулярного моделирования в различных областях химии, полученных с использованием компьютерной программы РС GAMESS, ориентированной на доступные широкому кругу пользователей персональные компьютеры и рабочие станции. Доп.точки доступа: Григоренко, Б. Л.; Грановский, А. А. |
541.117 : 539.191 Р 598 Рогов, А. В. Экспериментальное и теоретическое изучение вэаимодействия частиц магния с четыреххлористым углеродом [Текст] / А. В. Рогов, С. П. Михалев [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2004. - Т. 45, N 4. - Библиогр.: с. 224 ( 15 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия--Общая химия. Теоретическая химия Кл.слова (ненормированные): четыреххлористый углерод -- магний -- полигалогенметаны -- соконденсаты -- ИК-поглощение Аннотация: В работе изучены реакции полигалогенметанов (CCI[4], CHCI[3], CFCI[3]) с парами магния в низкотемпературных (12-70 К) соконденсатах. Полосы ИК-поглощения, наблюдаемые в реакции Mg c ССI[4] в эксперименте, согласуются с данными квантовохимических расчетов. На основании расчетов неэмпирическими методами квантовой химии для реакции частиц магния с четыреххлористым углеродом предложен возможный механизм реакции. Доп.точки доступа: Михалев, С. П.; Грановский, А. А.; Соловьев, В. Н.; Немухин, А. В.; Сергеев, Г. Б. |
577.15 Г 83 Григоренко, Б. Л. Моделирование механизма реакции гидролиза гуанозинтрифосфата белковым комплексом RAS-GAP [Текст] / Б. Л. Григоренко, А. В. Рогов [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2005. - Т. 46, N 1. - С. 19-23. - Библиогр.: c. 23 (8 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Биология--Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): механизм реакции гидролиза; гуанозинтрифосфат; белковый комплекс; перенос протонов; таутомерная форма; ключевые аминокислотные остатки Аннотация: С использованием оригинальной версии комбинированного метода квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ) исследован механизм реакции гидролиза гуанозинтрифосфата (GTP) , катализируемой белковым комплексом RAS-GAP (p21{ras}-p120{GAP}) . Показано, что предпочтительным является механизм с прямым участием GIn61 в переносе протонов и переходе GIn61 в таутомерную форму. Результаты моделирования позволяют выяснить роль ключевых аминокислотных остатков GIn61 (RAS) и Arg789 (GAP) , а также роль мутаций p21{ras} в функционировании комплекса RAS-GAP. Доп.точки доступа: Рогов, А. В.; Князева, М. А.; Исаева, Е. В.; Немухин, А. В. |
577.15 Ш 16 Шадрина, М. С. Молекулярный докинг производных гуанозиннуклеотидов в ГТФ-связывающие белки [Текст] / М. С. Шадрина, А. В. Рогов, К. Б. Бравая, А. В. Немухин // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2005. - Т. 46, N 6. - С. 363-369. - Библиогр.: с. 369 (8 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия--Общая химия. Теоретическая химия Кл.слова (ненормированные): докинг; гуанозиннуклеотид; реагент Аннотация: Использована программа Autodock 3. 0 для оценки сродства ряда производных гуанозиннуклеотидов к активным центрам ГТФ-связывающих белков. Рассчитанные геометрические конфигурации комплексов могут служить источником информации об исходных координатах реагентов в ферментативных реакциях гидролиза гуанозинтрифосфата. Доп.точки доступа: Рогов, А. В.; Бравая, К. Б.; Немухин, А. В. |
539.19 Д 640 Долгова, И. В. Моделирование механизма сопряженных реакций переноса протонов и электронов в бактериальных фотосинтетических реакционных центрах: расчеты методом км/мм для цинк-хинонных комплексов [Текст] / И. В. Долгова, Б. Л. Гриоренко [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2006. - N 3. - С. 159-162. - Библиогр.: с. 161 (13 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Физика--Молекулярная физика Кл.слова (ненормированные): протоны; бактериальные фотосинтетические реакционные центры; электроны; ион железа; цинк Аннотация: Механизм сопряженных реакций переноса протонов и электронов в бактериальных фотосинтетических реакционных центрах (БФРЦ) исследован комбинированными методами квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ). Молекулярные модели были построены на основе экспериментальных рентгеноструктурных данных для БФРЦ из бактерии Rhodobacter sphaeroides (код банка данных белковых структур 1AIG), в которых ион железа был заменен на цинк. Доп.точки доступа: Гриоренко, Б. Л.; Немухин, А. В.; Ян Сунь; Си-Чен Ай; Цзи-Юань Чжан |
517 Р 598 Рогов, А. В. Роль магния в реакции гидролиза трифосфатов в воде: моделирование методами квантовой и молекулярной механики [Текст] / А. В. Рогов, Б. Л. Григоренко [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2007. - Т. 48, N 3. - С. 152-156. - Библиогр.: c. 156 (14 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Математика--Математический анализ Кл.слова (ненормированные): гидролиз; МDP; магний; метилдифосфат; метилтрифосфат; метод квантовой механики; метод молекулярной механики; МТР; неорганический фосфат; реакция гидролиза; теория функционала плотности; трифосфаты Аннотация: Описано моделирование механизма реакции гидролиза депротонированного эфира метилтрифосфата (МТР) до метилдифосфата (МDP) и неорганического фосфата (Pi) в водных кластерах в присутствии и в отсутствие катиона магния. Использован вариант метода квантовой и молекулярной механики на основе теории потенциалов эффективных фрагментов. При расчетах энергии и ее производных в квантовой подсистеме, включающей МТР, реакционные молекулы воды и Mg{2+}, применена теория функционала плотности (B3LYP), а взаимодействие молекул воды описано модельным потенциалом TIP3P. Показано, что энергетический профиль пути минимальной энергии для реакции МТР+ H[2]O-MDP+Pi согласуется с двухстадийным процессом диссоциативного типа в отсутствие Mg{2+} и с одностадийным механизмом - в присутствии Mg{2+}. Доп.точки доступа: Григоренко, Б. Л.; Боченкова, А. В.; Грановский, А. А.; Немухин, А. В. |
541.1 Н 506 Немухин, А. В. (д-р хим. наук, проф.). Исследования матрично-изолированных частиц: спектроскопия и молекулярное моделирование [Текст] / А. В. Немухин, Л. Ю. Хрящев [и др.] // Успехи химии. - 2007. - Т. 76, N 12. - С. 1163-1170. - Библиогр.: с. 1170 (55 назв. ) . - ISSN 0042-1308
Рубрики: Химия Физическая химия. Химическая физика Кл.слова (ненормированные): изолированные частицы -- матрично-изолированные частицы -- спектроскопия -- моделирование (химия) -- молекулярное моделирование -- газы -- благородные газы -- матрицы -- низкотемпературные матрицы -- криптоновые матрицы -- аргоновые матрицы -- химические частицы -- нестабильные химические частицы -- стабильные химические частицы -- радикалы SH -- спектры радикалов -- кластеры -- водные кластеры -- спектры HArF -- комплексы (химия) -- межмолекулярные комплексы -- HXeOH -- вода Аннотация: Рассмотрены результаты экспериментально-теоретических подходов к исследованию некоторых стабильных и нестабильных химических частиц в низкотемпературных матрицах благородных газов. Обсуждены особенности матричных эффектов, проявляющиеся в спектрах радикала SH в криптоновых матрицах. Проанализированы структура и спектры HArF в аргоновых матрицах, а также строение и динамика межмолекулярных комплексов HXeOH с водой. Доп.точки доступа: Хрящев, Л. Ю. (д-р наук, доцент); Григоренко, Б. Л. (д-р физ.-мат. наук); Боченкова, А. В. (канд. физ.-мат. наук, доцент); Расанен, М. (д-р наук, проф.) |
Реализация метода молекулярной динамики с жесткими фрагментами для моделирования химических реакций в биомолекулярных системах [Текст] / А. А. Московский [и др. ] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2007. - Т. 48, N 4. - С. 219-222. - Библиогр.: c. 222 (18 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия Биология Общая биохимия Химическая связь и строение молекул Кл.слова (ненормированные): биомолекулярные системы -- динамика твердых тел -- метод молекулярной динамики -- моделирование протонного транспорта -- моделирование свойств биомолекулярных систем -- теория потенциалов эффективных фрагментов Аннотация: Описана новая реализация метода молекулярной динамики, направленного на моделирование свойств биомолекулярных систем, в которых могут происходить химические реакции. Для вычисления энергий и сил вдоль траекторий используется приближение квантовой и молекулярной механики на основе теории потенциалов эффективных фрагментов. В связи с особенностями метода эффективных фрагментов поведение молекулярно-механической подсистемы описывается при помощи динамики твердых тел. Методика применена для моделирования протонного транспорта вдоль молекул воды внутри канала грамицидина. Доп.точки доступа: Московский, А. А.; Калиман, И. А.; Акимов, А. В.; Конюхов, С. С.; Григоренко, Б. Л.; Немухин, А. В. |
Моделирование протонного транспорта в канале грамицидина А [Текст] / И. А. Калиман [и др. ] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2008. - Т. 49, N 5. - С. 291-294. - Библиогр.: c. 294 (13 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия Химия высокомолекулярных соединений Кл.слова (ненормированные): грамицидин А -- метод молекулярной динамики -- моделирование протонного транспорта в канале грамицидина А -- перемещение аниона -- перемещение протона -- перенос протона через канал грамицидина А -- протонный транспорт Аннотация: Представлены результаты расчетов профилей свободной энергии для процесса переноса протона вдоль ориентированной цепочки молекул воды в канале грамицидина А. Использован оригинальный вариант метода молекулярной динамики с жесткими фрагментами для описания движений пептидных групп канала и внешних молекул воды. Моделирование внутренней цепи, состоящей из молекул воды осуществлялось при помощи параметров силового поля РМ6, позволяющего описывать разрывы и образование химических и водородных связей в молекулах воды. Рассмотрены разные механизмы переноса протона через канал грамицидина А: стадии переноса протона Н+, анионного дефекта ОН- и переориентации молекул воды в канале. Параллельная схема расчета траекторий реализована путем разделения координаты реакции на сегменты, а объединение результатов проводилось по методу взвешенных гистограмм. Доп.точки доступа: Калиман, И. А.; Московский, А. А.; Конюхов, С. С.; Немухин, А. В. |
Теоретическое моделирование строения и свойств комплексов лантана с замещенными ацетилацетонами [Текст] / А. Ю. Рогачев, А. В. Немухин, Н. П. Кузьмина // Доклады Академии наук. - 2003. - Т. 389, N 5. - С. 634-639 . - ISSN 0869-5652
Рубрики: Химия Органическая химия Кл.слова (ненормированные): ацетилацетон -- донормные лиганды -- комплексы лантана -- лантан -- лиганды -- редкоземельные элементы Аннотация: Полученные в результате теоретического моделирования данные свидетельствуют о преимущественно ионном типе связи металл-лиганд. С помощью энергетических характеристик молекул была описана экспериментальная зависимость термодинамической стабильности b-дикетонатов лантана. Доп.точки доступа: Рогачев, А. Ю.; Немухин, А. В.; Кузьмина, Н. П. |
Разнолигандные комплексы на основе несимметричных (бета) -дикетонатов гадолиния: синтез, кристаллическая структура и теоретическое моделирование [Текст] / А. Ю. Рогачев [и др. ] // Журнал неорганической химии. - 2007. - Т. 52, N 9. - С. 1460-1473 : ил. - Библиогр.: с. 1472-1473 (57 назв. ) . - ISSN 0044-457X
Рубрики: Химия Неорганическая химия Кл.слова (ненормированные): лантаниды -- редкоземельные элементы -- лиганды -- ик-спектры -- инфракрасные спектры -- масс-спектры -- структуры -- хелатные циклы -- термодинамическая стабильность Аннотация: Представлены результаты рентгеноструктурного анализа и теоретического моделирования двух разнолигандных комплексов (бета) -дикетонатов гадолиния с дополнительным органическим лигандом. Доп.точки доступа: Рогачев, А. Ю.; Миначева, Л. Х.; Сергиенко, В. С.; Кузьмина, Н. П.; Немухин, А. В. |
Моделирование структуры и электронных спектров хромофора зеленого флуоресцентного белка [Текст] / К. Б. Бравая [и др. ] // Химическая физика. - 2008. - Т. 27, N 9. - С. 13-17. - Библиогр.: c. 17 (26 назв. ) . - ISSN 0207-401Х
Рубрики: Физика Молекулярная физика в целом Кл.слова (ненормированные): хромофоры -- биологические хромофоры -- фотофизические свойства -- оптические свойства -- зеленый флуоресцентный белок -- флуоресцентные метки -- спектры поглощения -- электронные спектры -- электронные переходы Аннотация: В работе исследованы структура и электронные спектры поглощения модельного хромофора зеленого флуоресцентного белка в нейтральной, катионной и анионной формах в изолированном состоянии. Доп.точки доступа: Бравая, К. Б.; Боченкова, А. В.; Грановский, А. А.; Немухин, А. В. |
Шадрина, М. С. Структура фермент-субстрактного комплекса при гидролизе гуанозинтрифосфата фактором роста EF-Tu: сопоставление результатов квантовой и молекулярной механики и молекулярной динамики [Текст] / М. С. Шадрина, Б. Л. Григоренко, А. В. Немухин // Вестник Московского университета. Сер. 2. Химия. - 2008. - Т. 49, N 6. - С. 389-391. - Библиогр.: c. 391 (8 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Математика Пищевые производства Бродильные производства Математический анализ Кл.слова (ненормированные): белок фактора роста EF-Tu -- гидролиз гуанозинтрифосфата -- квантовая химия -- метод молекулярной динамики -- молекулярная динамика -- структура фермент-субстрактного комплекса -- ферментативный катализ Аннотация: Приведены результаты расчетов равновесной геометрической конфигурации фермент-субстрактного комплекса для гидролиза гуанозинтрифосфата белком EF- Тu, выполненных двумя теоретическими подходами: комбинированным методом квантовой механики - молекулярной механики (КМ/ММ) и методом молекулярной динамики. Показано, что геометрическая конфигурация реакционного комплекса, определенная методом КМ/ММ, согласуется с представлениями о механизме реакции гидролиза, в то время как в структуре фермент-субстратного комплекса, предсказанной методом молекулярной динамики с силовым полем CНARМM, относительное положение нуклеофильного реагента (молекулы воды) и основания (боковой цепи гистидина) не отвечает оптимальному расположению реагентов. Доп.точки доступа: Григоренко, Б. Л.; Немухин, А. В. |
Квантово-химическое обоснование специфичности ферементативного катализа. Корреляции между скоросьбю ферментативного катализа ацетилхолинэстеразой и структурой субстратов [Текст] / С. В. Лущекина [и др. ] // Доклады Академии наук. - 2009. - Т. 426, N 3, май. - С. 344-346 : 1 табл., 2 рис. - Библиогр.: с. 346 . - ISSN 0869-5652
Рубрики: Биология Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): скорость гидролиза -- незаряженные сложные эфиры -- эфиры уксусной кислоты -- ацетилхолинэстеразы -- молекулярная механика Аннотация: Исследована зависимость скорости гидролиза незаряженных сложных эфиров уксусной кислоты в активном сайте ацетилхолинэстеразы с использованием комбинированного метода квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ). Доп.точки доступа: Лущекина, С. В.; Немухин, А. В.; Морозов, Д. И.; Варфоломеев, С. Д. |
577.1 К 321 Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов [Текст] / А. В. Немухин [и др.] // Успехи химии. - 2012. - Т. 81, № 11. - С. 1011-1025 : 11 рис., 2 схемы. - Библиогр.: с. 1023-1025 (177 назв. ) . - ISSN 0042-1308
Рубрики: Биология Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): гидролиз нуклеозидфосфатов -- квантово-химическое моделирование -- методы квантовой механики -- нуклеозидфосфаты -- сериновые гидролазы -- ферментативный гидролиз -- ферменты -- холинэстеразы Аннотация: Обсуждены достоинства и недостатки различных методов теоретического моделирования механизмов реакций ферментативного катализа на основе квантовой теории. Рассмотрены молекулярно-механические, квантово-механические и комбинированные подходы. Для детального анализа результатов выбран большой класс ферментов - сериновые гидролазы, в число которых входят важнейшие ферменты высшей нервной деятельности организмов, холинэстеразы. В качестве другого примера рассмотрены результаты моделирования ферментативного гидролиза нуклеозидфосфатов. Доп.точки доступа: Немухин, А. В. (доктор химических наук; профессор; заведующий лабораторией); Григоренко, Б. Л. (доктор физико-математических наук; старший научный сотрудник); Лущекина, С. В. (кандидат химических наук; старший научный сотрудник); Варфоломеев, С. Д. (член-корреспондент РАН; доктор химических наук; профессор; директор; заведующий кафедрой) |
541.6 А 456 Алгоритмы метода конформационно-подвижных эффективных фрагментов для моделирования превращений в активных центрах ферментов [Текст] / А. В. Немухин [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2. Химия. - 2010. - Т. 51, N 6. - С. 427-429. - Библиогр.: c. 429 (9 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия Химия высокомолекулярных соединений Кл.слова (ненормированные): квантовая химия -- комбинированный метод квантовой и молекулярной механики -- метод конформационно-подвижных эффективных фрагментов -- ферментативный катализ -- элементарные химические реакции Аннотация: Обсуждены алгоритмы и программные реализации комбинированного метода квантовой и молекулярной механики в варианте конформационно-подвижных эффективных фрагментов, активно используемого для расчетов энергетических профилей реакций ферментативного катализа. Доп.точки доступа: Немухин, А. В.; Григоренко, Б. Л.; Поляков, И. В.; Морозов, Д. И.; Хренова, М. Г. |
517 М 744 Моделирование механизма реакций гидролиза циклических гуанозинмонофосфатов в воде [Текст] / Н. Н. Андрийченко [и др.] // Вестник Московского университета. Сер. 2. Химия. - 2011. - Т. 52, № 4. - С. 277-280. - Библиогр.: c. 280 (12 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Математика Математический анализ Кл.слова (ненормированные): метод КМ/ММ -- метод квантовой механики -- метод молекулярной механики -- молекулярное моделирование -- реакции гидролиза в воде -- циклические гуанозинмонофосфаты -- циклические дигуанозинмонофосфаты Аннотация: Комбинированным методом квантовой и молекулярной механики рассчитаны равновесные геометрические конфигурации и энергии реагентов и продуктов реакций гидролиза молекул циклических гуанозинмонофосфата (ц-ГМФ) и дигуанозинмонофосфата (ц-ди-ГМФ) в воде. Перейти: http://www.chem.msu.su/rus/vmgu/114/277.pdf Доп.точки доступа: Андрийченко, Н. Н.; Хренова, М. Г.; Немухин, А. В.; Григоренко, Б. Л. |
517.2/.3 К 321 Квантово-химические расчеты компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем / И. В. Поляков [и др.] // Вестник Московского университета. Серия 2, Химия. - 2013. - Т. 54, № 2. - С. 75-77 : рис. - Библиогр.: c. 77 (9 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Математика Дифференциальные и интегральные исчисления в целом Кл.слова (ненормированные): Гретцеля ячейки -- диоксид титана -- квантово-химические расчеты компонентов -- компоненты ячейки Гретцеля -- неэмпирические подходы квантовой химии -- оптические спектры -- полиеновые красители -- солнечные элементы -- ячейки Гретцеля Аннотация: Неэмпирические подходы квантовой химии, включающие метод фрагментных молекулярных орбиталей (FMO), многоконфигурационную квазивырожденную теорию возмущений (XMCQDPT2) и зависящую от времени теорию функционала плотности (TD DFT), применены для расчетов оптических спектров полиенового красителя на поверхности диоксида титана. Перейти: http://www.chem.msu.su/rus/vmgu/ Доп.точки доступа: Поляков, И. В.; Московский, А. А.; Хренова, М. Г.; Немухин, А. В. |
539.19 М 750 Молекулярная модель светособирающего комплекса LH1 фотосинтетического центра бактерий Thermochromatium tepidum / М. Г. Хренова [и др.] // Вестник Московского университета. Серия 2, Химия. - 2013. - Т. 54, № 2. - С. 78-80 : рис. - Библиогр.: c. 80 (17 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Физика Молекулярная физика в целом Кл.слова (ненормированные): Thermochromatium tepidum -- молекулярная динамика -- светособирающие комплексы -- светособирающий комплекс LH1 -- трехмерная полноатомная модель -- фотосинтез -- фотосинтетические центры бактерий Аннотация: Методами молекулярного моделирования построена полноатомная трехмерная структура светособирающего комплекса LH1 фотосинтетического центра бактерий Thermochromatium tepidum. Перейти: http://www.chem.msu.su/rus/vmgu/ Доп.точки доступа: Хренова, М. Г.; Поляков, И. В.; Григоренко, Б. Л.; Немухин, А. В. |