Моделирование протонного транспорта в канале грамицидина А [Текст] / И. А. Калиман [и др. ] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2008. - Т. 49, N 5. - С. 291-294. - Библиогр.: c. 294 (13 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия Химия высокомолекулярных соединений Кл.слова (ненормированные): грамицидин А -- метод молекулярной динамики -- моделирование протонного транспорта в канале грамицидина А -- перемещение аниона -- перемещение протона -- перенос протона через канал грамицидина А -- протонный транспорт Аннотация: Представлены результаты расчетов профилей свободной энергии для процесса переноса протона вдоль ориентированной цепочки молекул воды в канале грамицидина А. Использован оригинальный вариант метода молекулярной динамики с жесткими фрагментами для описания движений пептидных групп канала и внешних молекул воды. Моделирование внутренней цепи, состоящей из молекул воды осуществлялось при помощи параметров силового поля РМ6, позволяющего описывать разрывы и образование химических и водородных связей в молекулах воды. Рассмотрены разные механизмы переноса протона через канал грамицидина А: стадии переноса протона Н+, анионного дефекта ОН- и переориентации молекул воды в канале. Параллельная схема расчета траекторий реализована путем разделения координаты реакции на сегменты, а объединение результатов проводилось по методу взвешенных гистограмм. Доп.точки доступа: Калиман, И. А.; Московский, А. А.; Конюхов, С. С.; Немухин, А. В. |