Шадрина, М. С. Структура фермент-субстрактного комплекса при гидролизе гуанозинтрифосфата фактором роста EF-Tu: сопоставление результатов квантовой и молекулярной механики и молекулярной динамики [Текст] / М. С. Шадрина, Б. Л. Григоренко, А. В. Немухин // Вестник Московского университета. Сер. 2. Химия. - 2008. - Т. 49, N 6. - С. 389-391. - Библиогр.: c. 391 (8 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Математика Пищевые производства Бродильные производства Математический анализ Кл.слова (ненормированные): белок фактора роста EF-Tu -- гидролиз гуанозинтрифосфата -- квантовая химия -- метод молекулярной динамики -- молекулярная динамика -- структура фермент-субстрактного комплекса -- ферментативный катализ Аннотация: Приведены результаты расчетов равновесной геометрической конфигурации фермент-субстрактного комплекса для гидролиза гуанозинтрифосфата белком EF- Тu, выполненных двумя теоретическими подходами: комбинированным методом квантовой механики - молекулярной механики (КМ/ММ) и методом молекулярной динамики. Показано, что геометрическая конфигурация реакционного комплекса, определенная методом КМ/ММ, согласуется с представлениями о механизме реакции гидролиза, в то время как в структуре фермент-субстратного комплекса, предсказанной методом молекулярной динамики с силовым полем CНARМM, относительное положение нуклеофильного реагента (молекулы воды) и основания (боковой цепи гистидина) не отвечает оптимальному расположению реагентов. Доп.точки доступа: Григоренко, Б. Л.; Немухин, А. В. |