Реализация метода молекулярной динамики с жесткими фрагментами для моделирования химических реакций в биомолекулярных системах [Текст] / А. А. Московский [и др. ] // Вестник Московского университета. Сер. 2, Химия. - 2007. - Т. 48, N 4. - С. 219-222. - Библиогр.: c. 222 (18 назв. ) . - ISSN 0201-7385
Рубрики: Химия Биология Общая биохимия Химическая связь и строение молекул Кл.слова (ненормированные): биомолекулярные системы -- динамика твердых тел -- метод молекулярной динамики -- моделирование протонного транспорта -- моделирование свойств биомолекулярных систем -- теория потенциалов эффективных фрагментов Аннотация: Описана новая реализация метода молекулярной динамики, направленного на моделирование свойств биомолекулярных систем, в которых могут происходить химические реакции. Для вычисления энергий и сил вдоль траекторий используется приближение квантовой и молекулярной механики на основе теории потенциалов эффективных фрагментов. В связи с особенностями метода эффективных фрагментов поведение молекулярно-механической подсистемы описывается при помощи динамики твердых тел. Методика применена для моделирования протонного транспорта вдоль молекул воды внутри канала грамицидина. Доп.точки доступа: Московский, А. А.; Калиман, И. А.; Акимов, А. В.; Конюхов, С. С.; Григоренко, Б. Л.; Немухин, А. В. |